目前临床上对于百合病的病机的认识是由各种原因引起的热邪留滞脉中，损伤阴分，并有耗损阳气、形成瘀血的趋势。大病后确可因阴阳两虚而生“散漫而未统于经”之邪热。此热留经百脉，随气血所到之处影响一身脏腑经络功能，产生百合病全身莫测百症。且热邪久留，耗损阴分，至于阴阳两虚，虚则成瘀，又生瘀血。以下是历代医家对百合病的病机的观点认识，大家可以学习借鉴之用：
1、心肺阴虚
全国中医药高等教育《金匮要略》第七版教材主张百合病的病机在于心肺阴虚。
2、心阴虚
今有医者认为所谓百脉一宗，是指“其充在脉”、“君主之官”的心而言，因此百合病是以心阴虚为主的全身性疾病。
3、心火为患，肾阴不足
《医宗必读》认为：“以百合治之，是亦清心安肾之效欤。”[3]正是对应心火盛、肾阴虚这个病机分析了百合的功效。当代医家陈大权结合百合病症状及其正治法百合地黄汤的药物功效认为百合病的病机属于心火为患肾阴不足[4]。
4、血瘀
近代伤寒名家胡希恕认为：“证虚而有热，其热又不高，‘如热无热’，当血有瘀滞。”百合病原文中预后一段中有以“每溺时头痛者，六十日乃愈”的症状推断预后的记载，近人有以血府逐瘀汤治疗溲时头痛的病案，医生认为此溲时头痛症乃由“瘀血阻滞，太阳经气不利所致”，正可佐证百合病病机或有瘀血阻滞。
